Robotnik Kraliçe Aleena ile evlenmeyi planladığını açıkladığında şok olan Sonic kardeşler yardıma koşar ancak bunun bir tuzak olduğunun farkında değildirler.

Kraliçe'nin eski muhafız kaptanı Argus, onunla gizlice buluşmak için bir plan yapar. Ancak kısa süre sonra Robotnik'in ödül avcıları Sleet ve Dingo tarafından yakalanır. Onlar Argus’u robotlaştırıcıya göndermeye kararlıdır. Bunu öğrenen Sonic üçlüsü, hemen yardıma koşarlar.

Sleet ve Dingo’dan kaçarak yollarına devam eden kirpiler, Robotnik’in elinin hiç değmediği bir kasabaya ulaşırlar. Halkın iyi kalpli olduğu, yiyeceğin bedava olduğu bu yer adeta bir cennettir. Burası Mobodon!. Güç Taşı’nı kullanan kardeşler buranın aslında doğdukları yer olduğunu keşfederler. Daha fazla soruya cevap bulamadan Sleet ve Dingo, bir SWATBOT ordusuyla saldırıya geçerler. Geçmişlerini korumak için kirpiler, Mobodon’un geleceği adına savaşır.

Sonia; Sleet ve Dingo’yla (gerçek anlamda) çamura bulanarak karşı karşıya gelir ve üzerini temizlemek için kardeşleriyle birlikte Doğu Mobius’a doğru yola çıkar. Orada eski arkadaşları Mindy Latour ve babasıyla yeniden buluşur. Mindy, Sonia’ya bir kolye verir ama ne Sonic’in kız kardeşi ne de Mindy, bu kolyenin Robotnik tarafından tasarlanmış bir takip cihazı olduğunu bilmektedir. Sonia gerçeği çok geç fark eder ve kısa süre içinde Mindy’nin krallığı, kirpileri yakalamak üzere programlanmış saat şeklindeki robotlarla dolar. Acaba kardeşler bu “böcek sorununu” ortadan kaldırabilecekler mi?

Manic, genç yankesiciler grubuyla karşılaştığında eski alışkanlıklarına geri dönmeye başlar. Bu sırada Sleet ve Dingo, topladıkları vergileri Robotnik’e vermemek için bir plan yapmaktadırlar. Tek ihtiyaçları olan şey, suçu üzerine atacak bir kişidir ve Manic bu iş için mükemmel bir hedef olur.

Sonic, arkadaşı Cyrus ile yeniden karşılaşır. Sonic onun Özgürlük Savaşçıları’na katıldığını düşünmektedir ancak Cyrus, Robotnik için çalışmaktadır. Fakat Özgürlük Savaşçıları'nın “sığınağının” çocuklara ait olduğunu öğrenince Robotnik’in iletişim cihazını yok eder. Sonic, Sonia ve Manic; onu Robotnik’in elinden kurtarmaya çalışırlar.

Sonic, Manic ve Sonia, Port Mobius’a yaptıkları bir yolculukta gemilerin Mobian deniz canavarı Moby Deep yüzünden battığını öğrenirler. Kirpiler, aynı zamanda Kaptan Squeege ile tanışırlar ve onun sayesinde kasaba halkının deniz canavarına karşı korunmak için Robotnik’e muhtaç bırakıldığı bir dolandırıcılığın farkına varırlar. Aslında gemileri batıran Robotnik’in ta kendisidir. Sonic, suya ve canavara karşı olan korkusunu yenmeye zorlanır; gerçeği ortaya çıkarmak ve sahil kasabasının korkularına son vermek onun elindedir.

Sonic üçlüsü, Kraliçe’nin Günlüğü’nü bulmak için Mobia’ya gelirler. Şehirde Sonia hafızasını kaybeder ve direnişin üyelerinden biri olan Raphi ile tanışır.

Kirpiler, güzel bir tatil beldesi olan Göl Vadisi'ne rastlarlar. Ama Robotnik, Mobius’un geri kalanını kontrol ederken burası nasıl güzel olabilir? Üçlü bunu çok yakında öğrenecek.

Sonia, Robotnik’in sağ kolu Bartleby tarafından düzenlenen bir baloya davet edilmiştir! Sonic, Sonia'nın yakalanmadan oraya gitmesine yardım eder ancak Cyrus’un “Avcı” esirlerini güvenli bir yere uçurmak için Sonia’yı seçmesi, daha büyük sorunlar oluşturur.

Robotnik, süper hızlı bir robot yaratır ve Mobius’un en iyi sporcuları ile robot arasında bir yarış düzenler. Ancak bu, Sonic’i açık alana çekmek için kurulmuş bir tuzaktır.

Sonia’ya ürkütücü bir kale miras kalır ama üçlü orada bir gece kaldığında her şeyin göründüğü gibi olmadığını anlarlar.

Çok para kazanmak için Robotnik, Mobius’un soylularına eserler satar. Ancak bu eserler aslında daha yakın tarihten kalma bombalardır ve patlamak üzeredirler.

Grup, Özgürlük Savaşçıları tarafından harap edilmiş bir köy bulur. Bu neden olmuştur? Manic, çölde her yerde bulunan Flybot’ların bu olayla ilgili olduğunu öğrenir.

Robotnik, nadir bir bitkinin özünü kullanarak Sleet ve Dingo’yu, Sonic’ten bile hızlı hale getirir. Üçlümüz, bu özün kontrolünü ele geçirir. Ancak Sonia ile Manic, ilacı kullanıp Sonic kadar hızlı olma isteğine direnebilecekler mi?

Grup, annelerini bulmak için Yüzen Ada’ya gider. Orada, adanın koruyucusu Knuckles ile tanışırlar. Sleet ve Dingo, Knuckles’a, üçlünün Kaos Zümrüdü’nün peşinde olduğunu söylemiştir.

Kraliçe Aleena, çocuklarını Bartleby’nin tatil köyüne dönüştürmeye çalıştığı Speedster Adası’na gönderir. Sleet ve Dingo yardım ediyormuş gibi görünür, ancak aslında adalıları robotlaştırmak isterler. Adalılar ise Sonic, Sonia ve Manic’e benzeyen üç taş başı kutsamaktadırlar.

Kehanetçi, kirpilerin pratik yeteneklerini test etmek ister ve güçlerini ellerinden alarak onları Sleet’e benzeyen birinin kral olduğu Roma temalı alternatif bir dünyaya gönderir. Eskiden hızlı ve öfkeli olan kirpiler, bu dünyayı kurtarmak için her zamanki zekâ ve stratejilerini kullanmak zorundadırlar. Ancak süper hızları olmadan görevlerini başarıyla tamamlayabilecekler mi?

Aleena’nın Kraliyet Mücevheri, Kraliçe’yi izleyen bir takip cihazı gibi çalışır. Kardeşler annelerinin peşinden giderlerken Robotnik de onları takip eder. Ulaşılması zor olan Kraliçe neredeyse yakalanır. Tabii, tüm bunlar karmaşık bir aldatmaca değilse.

Robotropolis’teyken Sonic ve arkadaşları terkedilmiş bir bebek kirpi bulurlar. Sonic ve Sonia kirpinin anne babasını ararken Manic, bebekle ilgilenir ve annelik içgüdülerini keşfeder. Ancak bebek göründüğü kadar masum değildir.

Robotnik’ten kraliyet mührü taşıyan bir kitabı geri alan Sonic üçlüsü, bir kehanet ile Robotnik’in Mobius’u ele geçireceğini ve yenileceğini önceden öğrenirler. Bu kehanet parşömene yazılmıştır ve kardeşler onu arar. Tehlikeli Mobius çölü ve tuzaklarla dolu yerlerden geçen üçlü, parşömenin saklı olduğu tapınağı bulurlar. Bu sırada Sleet ve Dingo da tapınağı keşfederler ve Mobius’un geleceğini belirleyecek savaş için her şey hazır olur.

Sonic üçlüsü, Robotnik’in eski esirlerinden birini kurtarır — yüzü tam görünmeyen bir maske takan kirpi - Esir, Kraliçe Aleena’nın ikiz kardeşi ve Sonic kardeşlerin amcası olduğunu iddia eder. Ancak bu Robotnik’in, üçlüyü parçalamak için kurduğu kötü bir oyundan ibarettir.

Sonic üçlüsü Kehanetçi'ye tekrar giderler. Kehanetçi, onları alternatif bir boyuta gönderir; burada onlar kötü taraf, Robotnik ise iyi taraftır. Ancak Robotnik kendi taraflarına geçerse, kötü kirpileri devirebilir ve Mobotropolis’i eski görkemine kavuşturabilirler!

Robotnik, gezegeni yerle bir etmek için yeni bir uçan kale yaratır. Sonic üçlüsü, Kaos Zümrüdü’nün kaleyi havada tuttuğundan şüphelenince yardım istemek için Yüzen Ada’ya Knuckles’ın yanına giderler. Ancak Knuckles’ın inatçılığını herkes bilir.

Kraliçe Aleena, Dr. Robotnik’in Mobius’u nasıl ele geçirdiğini ve çocukları Manic, Sonia ile Sonic’i, bir gün kardeşlerin Robotnik’in yönetimine karşı çıkarak gezegene barışı getireceği kehanetini gerçekleştirmek için çocuklarını nasıl bırakmak zorunda kaldığını anlatır.

Kaos Zümrüdü ile ayrılan Sleet ve Dingo arasında bir tartışma çıkar; Dingo kazara Zümrüdü kırar ve tüm kaos enerjisi serbest kalır. Sonic üçlüsü ile Knuckles, durumu nasıl yöneteceklerini öğrenmek için Knuckles’ın dedesi Athair ile görüşmeye giderler. Ancak kaos enerjisi gezegeni parçalamaya devam ederken hayatta kalıp oraya varabilecekler midir? Üstelik varırlarsa, bilge kirpinin sözlerini dinleyecekler midir?

Yeni yeniden bir araya gelen Sonic kardeşler, Robotnik ile savaşmak için takım olmayı öğrenmek zorundadırlar. Peki, birbirlerini gerçekten yeterince tanıyorlar mı?

Knuckles, Mobius yok olmadan önce Kaos Zümrüdü’nü geri almak ve tamir etmek için Robotnik ile pazarlık yapar. Ancak kötü adamın yardımını alabilmek için kirpi kardeşleri satmak zorundadır.

Sonic, Sonia ve Manic, Robotnik’ten Kehanetçiyi kurtarmak için çıktıkları görevde öğrendiklerini uygulamaya başlarlar. Peki birlikte uyum içinde çalışabilirler mi yoksa uyumsuzlukları kendi sonlarını mı getirecek?

Sonic üçlüsü, Robotnik’in baraj projesinin taşra bölgesini sular altında bırakmasını engellemek için birbirleriyle kavga eden bir grup köylüyü barıştırmak üzere göreve çıkarlar.

Bir robot kuaför, salonuna gelen insanları hipnotize ederek derin sırlarını açığa çıkarıyor. Sonia, kuaföre gittiğinde direnişle ilgili önemli bilgileri ifşa eder! Sonia ve kardeşleri, Robotnik’in bu bilgilere ulaşmasını engelleyebilecekler midir?

Mobianlı Titus, robotları eski haline döndürebilen bir makine icat eder. Ancak Robotnik ve ekibi bu makinenin peşine düşünce makine iyilikten çok zarar verebilir.

Sonic ve Manic yakalanır ve robotlaştırılmak üzeredirler! Kardeşlerini kurtarmak Sonia’ya düşer. Ancak sorun şu ki, Sonic ve Manic şehrin karşı uçlarında, ayrı robotlaştırma makinelerindedirler!

Robotnik, şimdiye kadarki en orijinal planını yapar: Buzulları eritmek. Sonic üçlüsü için işler zorlaşır çünkü Sonia gruptan ayrılır ve Kraliçe Sauna sanılır.

Robotnik, uyku getiren yeni bir zehirli dart icat eder ve bunları direnişçilerin peşine salar. Sonic ve kardeşleri, tehdidi kaynağında durdurmak zorundadırlar.

Bartleby, direnişe yardım ettiği için tutuklanır. Tabii ki, Sonic üçlüsü onu kurtarmak için harekete geçerler!

Sonic üçlüsü, Robotnik’in kendi kendine düşünebilen ve öğrenebilen en güçlü robotu ile karşılaşırşar. Ancak robot çok geçmeden dostluğun gücünü keşfeder.

Sonia, onu görünmez yapma tehdidi taşıyan sihirli bir kolye bulur.

Sonic ile Manic, pilotluk becerilerini geliştirmek için bir sanal gerçeklik oyunu oynarlar. İki kardeş Robotnik tarafından oyunun içine hapsolunca kardeşlerini kurtarmak Sonia’ya düşer.