Kaplumbağaların kanalizasyondaki sığınağı Mouser robotlarının saldırısıyla yok olunca Splinter'dan ayrı düşerler ve hem ustalarını hem de yeni bir yuva bulmaya çalışırlar.
Kaplumbağalar TCRI'nin aslında Utromlara ait olduğunu keşfedip Splinter'ı kurtarırlar ancak bir ışınlanma kazası onları bilinmeyen bir gezegene gönderir.
Shredder'ın ortadan kaybolmasıyla New York'taki suç örgütleri Foot'un bıraktığı boşluk için savaşa girerler ve Kaplumbağalar çatışmanın ortasında kalırlar.
Splinter gizlice çoklu evrenlerin en iyi savaşçılarının katıldığı büyük bir turnuvaya giderken Kaplumbağalar onu takip edip kendilerini yarışmanın içinde bulurlar.
Michelangelo turnuvanın finaline ulaşırken Ultimate Ninja ve Drako'nun planı açığa çıkar ve farklı dünyaların kaderini etkileyen büyük bir çatışma yaşanır.
Shredder Dünya'da kalan Triceraton teknolojisini toplamaya çalışırken yeni bilim insanı Doktor Chaplin'i kullanır ve Kaplumbağalar planına müdahale ederler.
Shredder, Pekin'i havada tutan Triceraton yer çekimi cihazını çalmaya kalkınca Karai bu planın milyonlarca insanı öldüreceğini fark eder ve Kaplumbağalar felaketi önlemeye çalışırlar.
Kaplumbağalar yer altında yeniden Y'Lyntian kalıntılarıyla karşılaşırlar ve kadim bir varlığın kayıp uygarlığın gücünü geri getirme planını durdurmaya çalışırlar.
Hun hem Shredder'ın hem de Ajan Bishop'ın hedefi hâline gelince Kaplumbağalar Triceraton teknolojisi uğruna verilen tehlikeli kovalamacanın ortasında kalırlar.
Donatello, Shredder'ın dünyayı ele geçirdiği karanlık bir geleceğe gönderilir ve parçalanmış ailesini yeniden bir araya getirerek direnişe yardım etmeye çalışır.
Casey'nin borç batağındaki kuzeni Sid aile çiftliğine gelip değerli bir şeyi çalmaya çalışınca Kaplumbağalar Mor Ejderhaların planına müdahale ederler.
Kaplumbağalar art arda yaşadıkları korkunç olaylarla psikolojik olarak yıkılırlar ancak yaşananların Foot mistiklerinin yarattığı bir saldırı olduğunu fark ederler.
Usagi Yojimbo Leonardo'yu ziyaret etmek için New York'a gelir ancak yanında getirdiği Gen'in başına açtığı sorunlar ve peşlerindeki suikastçı işleri karıştırır.
Donatello'nun mutasyonu ağırlaşınca Leonardo, Raphael, Michelangelo, Splinter ve Leatherhead onu iyileştirmek için Ajan Bishop'la anlaşmak zorunda kalırlar.
Bishop'ın istediği eseri Karai'nin elinden almak zorunda kalan Kaplumbağalar hem Foot'la savaşırlar hem de Donatello'yu kurtaracak tedaviyi elde etmeye çalışırlar.
Kaplumbağalar gizemli savaşçılar tarafından kaçırılır ve Ninja Mahkemesi'nin yaklaşan kadim bir tehdide karşı seçtiği savaşçılar olduklarını öğrenirler.
Foot mistikleri Ninja Mahkemesi'nin kutsal eserlerini ele geçirip kadim Shredder'ı diriltmeye yaklaşınca Kaplumbağaların eğitimi gerçek bir savaşa dönüşür.
Adalet Gücü yeni üyeler ararken Michelangelo seçmelere katılır ve yeniden ortaya çıkan Nano'nun yarattığı tehdide karşı kahramanlarla birlikte savaşır.
Şeytani Shredder New York'u kendi karanlık imparatorluğuna dönüştürürken Kaplumbağalar ve Karai şehrin mistik güç noktalarını kullanarak onu zayıflatmaya çalışırlar.
Shredder'ın karanlık gücü dünyaya yayılmaya başlayınca Kaplumbağalar Karai, Hun, Ajan Bishop ve diğer eski dost ve düşmanlarla geçici bir ittifak kurarak onun kalesine saldırırlar.
Kaplumbağalar şeytani Shredder'la son kez yüzleşirler ve Hamato Yoshi ile Karai'nin yardımı sayesinde kendi ruhsal ejderha biçimlerini kullanarak onu yok etmeye çalışırlar.
Yorumlar